东林书院创建于北宋政和元年即公元1111年，是当时知名学者杨时长期讲学的地方。后废。明朝万历三十二年，也就是公元1604年，由东林学者顾宪成等人重兴修复并在此聚众讲学，他们倡导"读书、讲学、爱国"的精神，引起全国学者普遍响应，一时声名大著。顾宪成撰写的名联"风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心"更是家喻户晓，曾激励过多少知识分子，对我国传统文化思想发展促进极大。有"天下言书院者，首东林"之赞誉。东林书院成为江南地区人文荟萃之区和议论国事的主要舆论中心。 
明朝天启五年，也就是1625年，以魏忠贤为首的阉党集团大兴冤狱，诬称东林讲学之人为"东林党"，进行残酷迫害，书院也被强令拆毁。崇祯帝即位后，惩处阉党，昭雪东林，同时下旨修复书院。以后，书院屡经沧桑，几经修葺，沿存至今。 
东林书院是国内一处有重大影响的著名历史文化古迹。其建筑功用主要分讲学、藏书、及祭祀等部分。修复后整个书院建筑基本保持明、清时期风貌。现为江苏省文物保护单位，省、市爱国主义教育基地。
"道南祠"是东林书院内一处重要建筑，始建于明万历三十二年。由大门、前堂、享堂组成。当时系用官资建造，为祭祀东林书院创始人杨时的祠堂。其堂名来历，就是杨时一次南归时，他的老师陈颢目送他，说：“吾道南矣”。祠名“道南”，一为纪念，一为表示继承学脉传统。
道南祠除祭祀历代东林先贤人物之外，清代，其前堂也是开习举业后，考课生员的地方。其建筑历朝均作修缮。
民国三十六年，无锡地方人士曾捐资60万对道南祠进行修理；1982年，政府拨款对道南祠大门、前堂、享堂进行全面修复。同时恢复了大门上原悬挂的清光绪年间无锡知县廖纶题书的"道南祠"匾额。
２００２年６月开始，直接投入８５０万元，书院开始了历史上最大规模的整修。全面修复后，书院占地面积达１５０００平方米，建筑面积３０００ 多平方米，再现了明清时期的布局形制和鼎盛时期的风貌。 书院布局为东、中、西三条轴线。中轴线上分布有书院正门、石牌坊、东林精舍、丽泽堂、依庸堂、燕居庙、三公祠等讲学建筑。东林书院的标志性建筑和象征就是石牌坊，又称马头牌坊，它位于书院中轴线的导入部位，为三间四柱五楼石坊，坊额上题“东林旧迹”和“后学津梁”，坊上雕刻有二龙戏珠、丹凤朝阳、狮子滚绣球、鲤鱼跳龙门等精美图案。书院的主体建筑依庸堂就是那副传世名联所挂之处，也是东林学派学术领地的象征，被一代学人尊为“南国杏坛”，所谓“脚迹得入依庸堂，人生一大幸事”。堂内保存有明代《依庸堂记》碑刻原石。
书院西轴线上有晚翠山房、来复斋、心鉴斋、寻乐处、小辨斋等建筑。东轴线则由祭祀东林书院创始人杨时的道南祠以及报功祠、时雨斋、草庐、东林庵等建筑组成。
东林书院此次整修重新疏浚了东轴线旁的弓河，并保留了一段有４００年历史的驳岸。文物专家表示，以弓河为界，把文物保护和城市景观自然地融为一体，既有利于文物保护，又能把东林的历史文化有效拓展和延伸。
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